Los delitos de lesa humanidad cometidos durante la dictadura militar del 1976 al 1983 investigados por los Kirchner han puesto al descubierto a la Iglesia católica, a la que la asociación Abuelas de Plaza de Mayo acusó de colaborar "en la tortura de nuestros hijos" afirmando que "es la Iglesia de Bergoglio".
Una vez elegido el papa, la organización recordó en un comunicado que Bergoglio fue llamado a declarar como testigo en el caso de la nieta de Alicia de la Cuadra, una de las fundadoras de la asociación, desaparecida cuando estaba embarazada, y cuya familia acudió a él en busca de ayuda. Cinco testimonios atestiguron la relación del nuevo papa con esta y otras desapariciones.
Además, las Abuelas mostraron un fragmento de la declaración del entonces cardenal durante el juicio de noviembre de 2010, en el que admitía que tuvo conocimiento del robo de niños durante la dictadura "en el tiempo del Juicio a las Juntas", poco antes de los años 90.
Su perfil se vuelve todavía más oscuro en relación con los casos de desaparición de sacerdotes y opositores católicos al régimen. Como señala el libro ‘El silencio’, del periodista Horacio Verbitsky, dos jesuitas desaparecidos fueron secuestrados por la ESMA poco después de perder la protección por orden de Jorge Mario Bergoglio, y fueron enviados a la Escuela Militar, donde fueron torturados.
Como prueba de la connivencia entre la Iglesia y la dictadura se suele recurrir a la polémica foto que muestra al nuevo papa dando la comunión al ex dictador Jorge Rafael Videla. En su declaración, Bergoglio también sostuvo que la Iglesia no debía “tener miedo a la verdad” en lo relativo a la actitud que mantuvo en este período negro de la historia de Argentina. Opinión que no comparten una gran mayoría de los argentinos, conscientes de que los obispos sabían que la dictadura asesinaba a los ciudadanos desaparecidos.
Por su parte, los partidarios de Bergoglio aseguran, por el contrario, que él siempre ha mantenido una clara apuesta por la labor pastoral en zonas desfavorecidas y que ayudó a muchos durante el régimen de la dictadura.