Los primeros en denominar a este sitio como Piedra del Águila, fueron los integrantes del Tercer Regimiento de Caballería en 1890.
Gregorio Álvarez adjudica el origen del nombre Piedra del Aguila a una formación rocosa existente en la barca con la forma de dicha ave, pero es él mismo quien recoge la información de Serafín Galán Deheza de que al llegar el General Villegas a la zona llevando adelante la Campaña de los Andes, el conjunto de riscos existentes en el lugar era un paradero de águilas una buitrera, y que al ver una de esas aves posada sobre una roca probó puntería con su Remington.
En enero de 1896 el Poder Ejecutivo Nacional creó el Sexto Departamento del Territorio del Neuquén, designando a Piedra del Águila su cabecera.
El Gobernador Tte.Cnel F.Rawson designa por decreto nº9 de fecha 8 de abril de 1897, juez de Paz a Serafín Galán Deheza y comisario de Policía al Sr. Alfredo Álvarez, y recién en 1932 se crea la comisión de fomento (aunque ya funcionaba de hecho desde 1925), integrada por los vecinos Sres. Roque Belli, Aurelio Rodríguez y Pascual Lanfré, que inicialmente establecen el pueblo en dominios de la Empresa dueña de los campos, llamada El Cóndor S.A., hasta que en 1943 se obtiene de los dueños la propiedad de las quince manzanas que la conforman.
A partir de 1898, Piedra del Aguila se constituyó en una zona estratégica como retaguardia de las tropas del Ejército que se encontraban en operaciones en la zona de Junín y San Martín de los Andes, cuyo objetivo era afianzar el orden interno y la soberanía en aquellas regiones recién integradas al Estado Argentino.
En sus proximidades quedan hoy en pie restos de los que fueron los Fortines: Nogueira (situado 15 km al Norte de la confluencia del arroyo Pichi-Picun-Leufú con el río Limay, llevando el nombre del oficial fallecido en un combate contra la población indígena) que se encuentra dentro del predio de la Estancia Fortín Nogueira y el Fortín Cabo Alarcón en proximidades de la confluencia del arroyo Picún-Leufú con el río Limay, perpetuando el nombre de un suboficial muerto junto con dos soldados en el desempeño de un acto de servicio. Allí también fueron capturados y muertos, los caciques Kuepú, Meliqueo, Manquepu, Niculman y varios más, que prefirieron sucumbir, a abandonar su vida nómade[cita requerida].
En 1983 se comenzó la construcción de la central hidroeléctrica Piedra del Aguila, emplazada sobre el río Limay a 25 km de Piedra del Aguila, en el paraje denominado Villa Rincón Chico y que posee hoy una capacidad de evacuar 14.000 metros cúbicos por segundo; a diferencia de las otras represas de la provincia, esta central posee un impresionante dique de hormigón, de 173 metros de altura, que contiene un embalse estacional de 24.000 hectáreas.